Hace mucho tiempo, un hombre murió, mientras escribía una historia, en ella se hablaba de un valeroso caballero que luchaba con un monstruoso cuervo, el cuervo acabo huyendo de la historia y el príncipe le persiguió, el príncipe uso un magia prohibida y con su espada se atravesó el corazón y lo rompió en pedazos para poder sellar al cuervo. Entonces princess tutu (Ahiru) empieza a buscar los pedazos de corazón perdido del príncipe (Mythos) para que vuelva a recuperarlo, pero Princess Kehare (Rue) se niega a que el príncipe lo recupere por que no la elegirá a ella, entonces Fakiar y Ahiru unen sus fuerzas para poder devolverle el corazón al príncipe.
Esta es Rue, la mejor bailarina de la academia, pero también es Princess Kehare la hija de cuervo o eso cree ella, por que cuando era un bebe fue secuestrada por los cuervos así que es solo una humana que bebió la sangre del cuervo, esta enamorada de Mythos y no desea que recupere su corazón por que quiere que solo sea suyo pero al final seda cuenta de su error y Mythos la acaba eligiendo a ella y salvándola del cuervo maligno.
Esta es Ahiru, y princess tutu la encargada de conseguir los pedazos de corazón perdidos de Mytos, esta enamorada de el Aunque siente algo hacía Fakiar, en realidad es un pato pero se convierte en chica cuando su colgante se moja, no puede decirle sus sentimientos a Mythos por que desaparecería en un rayo de luz, al fina resulta que su colgante es el ultimo trozo de corazón de Mythos, cuando se lo devuelve se convierte en un pato y se acaba quedando con Fakiar.
El es Mythos el príncipe que perdió el corazón, esta enamorado de Princess Tutu, pero al final descubre que su verdadero amor es rue, y juntos él y Rue logran destruir al cuervo maligno, al final Rue se convierte en la verdadera princesa de Mythos, cuando Kheare baña su sentimiento de amor en la sangre del cuervo se vuelve malo pero con las palabras de Rue vuelve a ser el mismo.
Este es Fakiar el caballero que debe proteger al príncipe es decir Mythos, Fakiar esta enamorado de Ahiru pero no quiere admitirlo, se supone que el caballero muere asesinado por los cuervos, pero el esta decidido a cambiar ese destino, descubre que es descendiente de Drosselmeyer e intenta escribir de nuevo la historia por que el tiene el poder de hacer que todo lo que escribe se convierta en realidad, al fina se queda con Ahiru en forma de pato.